Natur verändert sich ständig. Gerade in dynamischen Wildnisgebieten kann es dazu kommen, dass sich Schutzgüter in ihrer zeitlichen und räumlichen Ausdehnung verschieben. So können im Einzelfall Arten, die vornehmlich an Offenlandlebensräume angepasst sind, (zwischenzeitlich) zurückgehen oder verschwinden, sobald aktive Maßnahmen zur Offenhaltung wegfallen.

Andere, eher ursprüngliche Lebensräume wie beispielsweise Wald- und Küstenlebensraumtypen, Auen, Seen und Moore profitieren erheblich vom strengen Schutz in Wildnisgebieten. Das gilt für einen sehr hohen Anteil an Schutzgütern in den Natura-2000-Gebieten, wie zum Beispiel für Buchenwälder, für deren Erhaltung Deutschland eine besondere internationale Verantwortung trägt. Diese Überschneidungen müssen als Synergien genutzt werden, um Wildnisgebiete zu schaffen. Gleichzeitig sollte für pflegebedürftige Lebensraumtypen in der Managementzone oder außerhalb des Wildnisgebietes nach Möglichkeit Ersatz geschaffen werden.

Aufgrund sich widersprechender Ansprüche lässt sich nicht allen Schutzgütern in jedem Natura-2000-Gebiet gleichermaßen gerecht werden. Entscheidend ist in diesem Zusammenhang ein strategischer Ansatz auf höherer räumlicher Ebene, der sicherstellt, dass alle Schutzgüter in einem guten Erhaltungszustand verbleiben. Dabei müssen mehrere Schutzgebiete zusammen betrachtet und bewertet werden können. Auf Einzelgebiets-ebene führt dieses Vorgehen zu einer Flexibilität der Erhaltungsziele. Hier kann sogar eine rechtliche Zusammenführung von Schutzgebieten sinnvoll sein.

Handlungsempfehlungen der EU sollten dazu beitragen, dass ein übergeordneter strategischer Ansatz für Schutzgebiete der Natura-2000-Richtlinie auf Länderebene entwickelt wird, der Spielräume in den Managementplänen zulässt. Best-Practice-Beispiele von Wildnisentwicklung in Natura-2000-Gebieten sollten insbesondere hinsichtlich der möglichen und bislang noch kaum erprobten Selbstregulierung von Schutzgütern in Wildnisgebieten gesammelt werden.